按照漁藥的功能分類，一般可將漁藥分為水體消毒劑、內服抗菌劑、寄生蟲驅殺劑、中草藥、生物制品、水質改良劑等。雖然國家法規沒有將水質改良劑歸類于漁藥，但由于魚蝦防病的特殊需要，我們還是將水質改良劑歸為漁藥的一類。當前由于水產養殖需要，廣東省農業廳在實施獸藥GSP過程中，已經將水質改良劑列為獸藥店可以銷售的產品，足以證明，水質改良劑已經歸屬漁藥范疇。
1. 消毒劑
　　具有破壞生物活性的功能，用于殺滅養殖環境、動物體表和工具上的有害生物或病原微生物，控制疾病傳播或發生。消毒劑種類很多，按作用機理分為氧化性消毒劑、表面活性劑、醛類等。常見的消毒劑有漂白粉、三氯異氰脲酸、二氧化氯、高錳酸鉀、聚維酮碘、苯扎溴銨等。
2. 環境改良劑
　　改良水體、底質等養殖環境的物質，可轉化或促進轉化水體環境中有毒有害物質、增加水體有益或營養元素，包括底質改良劑、水質改良劑等。一般分化學性和生物性兩類：常見的化學環境改良劑有生石灰、EDTA及沸石粉等；常見的生物環境改良劑有光合細菌、枯草芽孢桿菌等。
3. 抗微生物制劑
　　具有抑制細菌、病毒和真菌繁殖的功能，用于預防和治療因細菌、病毒和真菌所導致的魚蝦動物疾病。以內服為主，常見的抗微生物制劑以抗菌藥為主，有抗生素類（如氟苯尼考）、磺胺類（如磺胺二甲嘧啶等）和喹諾酮類（如諾氟沙星等）。
4. 寄生蟲驅殺劑
　　具有驅除或殺滅魚蝦動物體內、體表或養殖環境中寄生蟲的功能，用于抵御寄生蟲對養殖動物的侵害。根據用藥的方式，有內服和潑灑兩類。常見藥物有阿維菌素、甲苯咪唑、硫酸銅、氯氰菊酯等。
5. 中草藥
　　具有抑制微生物活性、增強養殖動物抗病能力等功能，用于預防和治療魚蝦疾病。中草藥具有天然、安全、藥效溫和等優點，是無公害養殖的首選藥物。常用中草藥有三黃粉、大蒜和板藍根等。
6. 生物制品
　　具有特定的生物活性，用于預防、治療或診斷特定的疾病。主要包括疫苗和生物診斷試劑等